光晕1完善了空间跳跃技术后，人类开始向星际间的众多行星移民，开发新的空间。2525年4月20日，与远地殖民地丰饶星(Harvest)的联络中断了。在试图重新建立联络的努力失败后，殖民军总参谋部 (the Colonial Military Administration，CMA)派遣了一艘侦查舰，金羊毛号(the Argo)前去调查。可是金羊毛号一到达丰饶星系，与飞船的联络也突然中断了。 UNSC(联合国太空军司令部）火速派遣了一支由一艘驱逐舰和两艘护卫舰组成的舰队前往丰饶星。只有舰队领航的旗舰赫克拉勒斯号（the Heracles)返回了致远星，战痕累累，伤亡惨重。战舰的指挥官报告说，出现了一艘配备了强大等离子武器的外星战舰，已经践踏了丰饶星，血洗了殖民地，将星球融成了玻璃，300万人被毁灭殆尽。从此，外星种族星盟――圣约人(Covenant)对人类的侵略就拉开了序幕，圣约人的科技远远胜过于地球，逼得地球军队节节败退，人类最重要的军事基地致远星也遭到了星盟的侵略，当时舰队传奇舰长凯斯正在致远星系边缘带领巡洋舰“秋之墩”号和搭载其上的28名斯巴达-Ⅱ战士准备前往星盟核心区执行绑架大先知的任务，而迫于圣约人对致远星的进攻,大多数的斯巴达战士被派往致远星进行重要设施的保卫任务,其中有数名在进入致远星大气层时以及战斗过程中不幸牺牲,而有几名最终生存。但是致远星一战人类还是失败了，为了避免被圣约人俘虏以及被俘虏后地球的位置暴露，正在准备进入跃迁断层的时候舰长与他的舰员被圣约人舰队发现并追上。在岌岌可危时，通过跃迁断层空间，他们发现了光晕(Halo)，一个巨大的异形环状世界，有着一万公里的直径与可呼吸的气息。在这个巨大具有生命的圆环里居住著不可思议的生物、奇特的植物、扭曲的地下巢穴、巨大的山脉，以及数不尽的且充满怒气的异形生命。人类的船在遭到击毁之后，部分的人类组员登陆在光晕的表面上开始了一场与圣约人的战争！玩家将在这场战役中化身为终极战士“士官长”(MASTERCHIEF)，游戏中的士官长是经过一系列基因强化战士的机密军事计划“斯巴达-Ⅱ(SPARTAN II)”中的小队长，也是“秋风之墩”上唯一的一位可以进行战斗的的斯巴达战士，这就是你将操作配备人类顶尖科技的超级战士，他是人类对抗圣约人最后的寄托。而在游戏里，你将是要作为救世主的角色揭开光晕的秘密，拯救人类。光晕2本集的主角除了有士官长外，还有一个新主角――神风烈士（The Arbiter)，是一名星盟精英（elite），为星盟进行死亡的任务，它是因未能消灭人类舰队和光晕04被毁而被革职的星盟舰长。此举一改星盟奸角的角色。 这是一个双重故事发展的游戏，故事开始时是在士官长毁坏04光晕后的一个月，士官长回到地球。同光晕一时间，负责消灭人类的星盟终极正义舰舰长Thel'Vadamee(即后来的神风烈士)被革职，受星盟上下唾骂，但他的死刑因星盟首领先知理解整件事而被暂时撤销，并被封为神风烈士(The Arbiter)，其实是要他不断执行自杀式任务，直至壮烈牺牲。当时驻守在04光晕旁的气体星球内的气矿的星盟部队突然发生叛变，成立异教并与星盟的宗教分庭抗礼，神风烈士的第一个任务是要杀死异教徒的首领。其实，“异教徒”从04光晕的“引导者”口中知道了光晕的建造原因，并且也知道了光晕其实是能够毁灭所有生物的武器。但是在他想向神风烈士解释时，他的急性子让他送了命。士官长回来不久，星盟入侵地球，但今次派出的军队比以往的少，原来他们并不知道地球是人类的家园，只不过是想找寻某样东西，所以很快被击退，最后以超空间离开，人类紧随其后，发现了新的光晕--三角洲，新一场战斗又开始了。 光晕3：故事是紧接光晕2，士官长回到地球，遇见神风烈士，自此他们二人并肩作战。光晕故事的结局是，控制所有光晕的方舟被毁，7个光晕失效。人类开始重建家园，所有被释放的虫族因失去首领(尸脑兽)而不能生存，星盟彻底瓦解，神风烈士成为精英族的首领，和另一个英雄精英舰长“半嘴”瓦图米一起回到自己的家园。游戏的最后一段动画显示，方舟之战后士官长和神风烈士在最后关头驾驶战车冲上战舰，并开返地球，但是在进入断层空间的时候战舰意外地被切为两半，神风烈士所在的前半部分战舰返回了地球，而士官长所在的失去动力的后半部分战舰则到达了一个未知的星球，在失去重力的世界中孤独地飘浮着。士官长进入了冷冻休眠状态，明显，是游戏公司为下一作《光环4》埋下了一个伏笔。《光环4》的战斗很有可能就发生在这个未知而遥远的星球。